Die Katholisch-Theologische Fakultät der Universität Augsburg steht in direkter Kontinuität zur Universität Dillingen, die 1549 vom Augsburger Fürstbischof Kardinal Otto Truchseß von Waldburg gegründet wurde. Diese Jesuitenuniversität gehörte im Zeitalter der Konfessionalisierung zu den wichtigsten deutschen Studieneinrichtungen. Allein die Theologische Fakultät blieb auch im 19. und 20. Jahrhundert bestehen (seit 1923 als „Philosophisch-Theologische Hochschule“).

Im Zuge der Gründung einer Universität in Augsburg entschied sich das Bistum Augsburg unter seinem damaligen Bischof Josef Stimpfle dafür, die Dillinger Hochschule als eine der Gründungsfakultäten in die neue Universität zu inkorporieren. Gleichzeitig wurde das Priesterseminar hierher verlegt.

Die Katholisch-theologische Fakultät ist heute zahlenmäßig die kleinste, aber zugleich durch die Aktivitäten der Lehrenden und das Engagement der Studierenden eine sehr lebendige Fakultät. Obgleich die ProfessorInnen und StudentInnen aus ganz Deutschland stammen, zeichnet sie sich doch durch einen starken Regionalbezug aus.

Ein Großteil der Geistlichen, pastoralen Mitarbeiter und Religionslehrer in Bayerisch Schwaben ist in Augsburg ausgebildet worden. Lehrende der Fakultät sind eingebunden in die Fortbildung der genannten Berufsgruppen. Durch Tagungen (wie etwa 2015 zum Zweiten Vatikanischen Konzil oder 2018 zur Begegnung Cajetans mit Luther) werden Anliegen der Region und des Bistums aufgenommen. Die Fakultät ist um gute ökumenische Beziehungen zu den in Augsburg vertretenen getrennten Kirchen bemüht.