Thomas Schwartz studierte nach seiner Schulzeit zwischen 1984 und 1991 Philosophie und Theologie in Münster, Augsburg und Rom, wo er 1990 zum Priester geweiht wurde. Nach Kaplanszeit und moraltheologischer Promotion in Freiburg i.Br. war er von 1999 bis 2009 als Hochschulpfarrer in Augsburg tätig.

Von 2005 bis 2014 war Schwartz Professor für Angewandte Ethik an der Hochschule Augsburg und lehrte darüber hinaus Wirtschafts- und Unternehmensethik an der Wirtschaftsfakultät der Universität Augsburg. Dort wurde er 2014 Honorarprofessor für Wirtschafts- und Unternehmensethik. Er ist ordentliches Mitglied der Europäischen Akademie der Wissenschaften und Künste und des Zentralkomitees der Deutschen Katholiken sowie verschiedener kirchlicher Kommissionen auf nationaler und internationaler Ebene. Seit Herbst 2021 ist Schwartz Hauptgeschäftsführer von Renovabis, dem Osteuropa-Hilfswerk der Deutschen Katholiken.

Seine Forschungsschwerpunkte liegen im Bereich der Nachhaltigskeitstheorie, der Corporate Social Responsibility, der Compliance sowie der Führungsethik.