Die Akkreditierung von Studiengängen erfolgt in Kooperation mit universitätsexternen Akkreditierungsagenturen, die die Verfahren organisieren und begleiten. Diese sind vom Akkreditierungsrat zugelassen, sofern sie im European Quality Assurance Register (EQAR) registriert sind. Die formale Akkreditierung erfolgt durch den Akkreditierungsrat.

Zum gegenwärtigen Zeitpunkt sind die folgenden zehn Akkreditierungsagenturen für Deutschland zugelassen:

• Akkreditierungs-, Certifizierungs- und Qualitätssicherungs-Institut (ACQUIN)
• Akkreditierungsagentur für Studiengänge im Bereich Gesundheit und Soziales (AHPGS)
• Agentur für Qualitätssicherung durch Akkreditierung von Studiengängen (AQAS)
• Akkreditierungsagentur für Studiengänge der Ingenieurwissenschaften, der Informatik, der Naturwissenschaften und der Mathematik (ASIIN)
• Evaluationsagentur Baden-Württemberg (evalag)
• Foundation for International Business Administration Accreditation (FIBAA)
• Schweizerische Agentur für Akkreditierung und Qualtitätssicherung (AAQ)
• Österreichische Qualitätssicherungsagentur (AQ Austria)
• Zentrale Evaluations- und Akkreditierungsagentur Hannover (ZEvA)
• Agentur für Qualitätssicherung und Akkreditierung kanonischer Studiengänge in Deutschland (AKAST)